1958年5月16日,经福建省人民委员会以省人委(58)省办秘字第2109号文批准,福建水电院正式成立。

建院初称福建省水利电力厅设计院。

1958年9月更名为福建省水利电力厅勘测设计院。

1960年8月与科研所合并,更名为福建省水利电力厅科学研究勘测设计院。

1970年秋,更名为福建省革委会生产指挥部电力工业局设计大队。

1971年4月,更名为福建省电力设计大队

1977年5月,更名为福建省水利电力勘测设计院。

1983年10月,更名为福建省水利水电勘测设计院。

1993年10月,在获百强后批准更名为福建省水利水电勘测设计研究院。

1996年10月,经水利部批准更名升格为水利部福建水利水电勘测设计研究院,同时保留福建省水利水电勘测设计研究院名称。 
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